Na het stellen van de diagnose is snelheid van levensbelang en moet de patiënt voor de behandeling worden opgenomen in het ziekenhuis. Via een infuus worden antibiotica toegediend in hoge dosering.
Om de infectie te stoppen moet door middel van een of meerdere operaties het aangetaste weefsel verwijderd worden. Als al het dode weefsel is verwijderd kan een diepe wond over blijven, die lijkt op een uitgebreide derdegraads verbranding. Daarom worden patiënten met NWDI vaak overgeplaatst naar een brandwondencentrum. In brandwondencentra is verpleegkundige en medische kennis aanwezig en zijn er faciliteiten om grote, gecompliceerde huiddefecten te verplegen en operatief te behandelen. De huiddefecten kunnen worden behandeld met huidtransplantaten of verplaatsing van huid rond de wond.
Doordat de patiënt vaak ernstig ziek wordt kan het zijn dat de verschillende organen ondersteuning nodig hebben. De patiënt kan bijvoorbeeld tijdelijk aan de beademing of de dialyse worden gelegd op een Intensive Care afdeling (IC-afdeling) of het brandwondencentrum.
Het komt vaak voor dat na opname in een brandwondencentrum de patiënt opgenomen wordt in een revalidatiecentrum om te leren omgaan met de beperkingen die ontstaan zijn door de ziekte.